С контрастами сталкивались, наверное, все, кто имеет дело с линейными моделями. Тема достаточно подробно раскрыта в книге Статистический анализ и визуализация данных с помощью R (pdf; сообщение в блоге), а также в книге Р.Кабакова "R в действии" и во многих других источниках.
Для практического использования стандартных типов контрастов этого вполне достаточно, но один аспект в литературе обычно даже не упоминается, а именно: "контрасты" в R (то, что мы видим при использовании функции contrasts(factor)) не являются контрастами (т.е. взвешенными суммами средних значений уровней категориальной переменной).
